Sách sử Trung Quốc cận đại cho rằng Lý Tự Thành chết vào năm Thuận Trị thứ ba (1645). Minh sử viết: "Lý Tự Thành bị bọn dân quê vây, không thoát được nên thắt cổ tự tử". Sách Minh Quý bắc lược lại đưa ra một cách lý giải khác: "Lý Tự Thành bị bệnh, chết trong núi La Công".

Thuận Trị Hoàng đế của nhà Thanh rất bất an về Lý Tự Thành nếu “diệt cỏ không diệt tận gốc” sẽ di họa về sau. Nhà Vua sai các tướng lĩnh truy kích Lý Tự Thành phải tìm cho ra những bằng chứng về cái chết của nhân vật thủ lĩnh phong trào nông dân này.

Tướng Hà Đằng Giao gởi bản tấu về Bắc Kinh có đoạn: "Không có chứng cứ gì về cái chết của Sấm, thủ cấp của Sấm cũng không thấy". Tướng A Tế Cách (Mãn Châu) cũng có bản tấu về, có đoạn: "Có tên hàng binh ra trình rằng Lý Tự Thành chạy vào núi Cửu Cung, bị dân quê vây, tự thắt cổ mà chết". Nói chung, chẳng có ai có được bằng chứng đích xác khẳng định Lý Tự Thành đã chết hay còn sống và nếu chết, thì chết như thế nào. Tất cả đều chỉ là tin đồn, lời khai lan man.

Còn có hai tư liệu lịch sử khác lại cho rằng Lý Tự Thành vẫn còn sống. Sách Phong Châu kí viết: "Lý Tự Thành chạy trốn đến Giáp Sơn, xuất gia đi tu, bảy mươi tuổi mới chết ở tư thế ngồi...". Tác giả Giang Dục Chí lại viết Lý Tự Thành mộ chí, có đoạn: "Lý Tự Thành quả thực chạy về Phong Châu... cưỡi ngựa mà đi, đến Giáp Sơn đi tu, chết mộ vẫn còn". Theo Giang Dục Chí, tháp xây trên mộ Lý Tự Thành có hàng chữ "Phụng Thiên Ngọc hoà thượng". Giang Dục Chí cũng khẳng định rằng Lý Tự Thành đi tu năm Thuận Trị thứ nhất và là người quan niệm: “Thắng làm Vua, bại làm sư là cách sống của người Trung Quốc”.